Nejvyšší kontrolní úřad (NKÚ) zjistil, že Ministerstvo vnitra v letech 2016–2023 vynaložilo více než 870 milionů korun na profesionalizaci a zvyšování kvality státní služby, aniž by dosáhlo požadovaných výsledků. Nepodařilo se například digitalizovat vzdělávání státních zaměstnanců ani úřednickou zkoušku. Ministerstvo se závěry nesouhlasí a tvrdí, že kontrola nezohlednila širší okolnosti a konkrétní přínosy projektů.
Podle NKÚ ministerstvo od roku 2020 neplnilo povinnost měřit a vyhodnocovat výkon veřejné správy, a vláda mu proto tuto agendu odebrala. Od letoška koordinaci státní služby převzal Úřad vlády ČR.
Projekt zavedení minimálních standardů řízení na úřadech, na který šlo přes 60 milionů korun, podle kontrolorů nepřinesl očekávané zlepšení – 51 z 84 úřadů nesplnilo stanovené minimum a samo ministerstvo dosáhlo třetího nejhoršího výsledku. Ministerstvo namítá, že proškolilo přes 3400 zaměstnanců a že výsledky ovlivnila pandemie covidu-19 i válka na Ukrajině.
Ministerstvo rovněž nezřídilo plánovaný vzdělávací portál. Aplikace eZkouška, do níž investovalo přes 22 milionů korun, byla po čtyřech letech provozu zrušena a zkoušky se vrátily k listinné podobě. NKÚ označil tyto výdaje za nehospodárné a upozornil na možné porušení rozpočtové kázně.
Dalších 640 milionů korun směřovalo v letech 2015–2024 na Informační systém o státní službě. Podle NKÚ systém neposkytuje potřebná data a ministerstvo jej využívá jen omezeně. Ministerstvo oponuje, že systém slouží jako zákonem daná centrální evidence, nikoli jako nástroj profesionalizace, a že uvedená částka zahrnuje i provoz Ekonomického informačního systému.
